FKIK Unismuh- Bidang kedokteran terbagi ke dalam beberapa bagian ilmu dan spesialisasi. Pembagian dimaksud untuk mengefisienkan komunikasi antar unit, serta terutama untuk mengefektifkan pelayanan kesehatan dan pengembangan ilmu kedokteran. Bagian-bagian tersebut di rumah sakit atau institusi pendidikan kedokteran, umumnya dalam bentuk departemen. Contoh departemen tersebut adalah Departemen Kesehatan Anak, Departemen Bedah, Departemen Biomedik, Departemen Kesehatan Masyarakat, dst.

Khususnya di institusi pendidikan kedokteran, departemen antara lain memiliki tugas dan fungsi untuk menyusun sekaligus mengelola konsep pembelajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat (tridarma pendidikan tinggi) dalam bidang ilmu masing-masing, yang dikembangkan dari visi dan misi fakultas dan program studi (Sarjana Kedokteran dan Profesi Dokter).

Selain departemen yang umumnya ada di institusi pendidikan kedokteran lain, sebagaimana disebutkan sebelumnya; FKIK Unismuh yang memiliki visi keunggulan dalam kegawatdaruratan dan melahirkan Dokter yang Islami, juga mengembangkan Departemen Kegawatdaruratan dan Departemen Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.   

Penyerahan Surat Keputusan Kepala Departemen dan Sekertaris Departemen lingkup FKIK Unismuh Makassar langsung oleh Dekan FKIK Prof. DR. dr. Suryani As’ad, M.Sc, Sp.GK(K); yang didahului oleh pemaparan mengenai tugas pokok dan fungsi Kepala dan Sekertaris Departemen oleh Ketua Program Studi Profesi Dokter DR. dr. Sitti Musafirah, Sp.KK. Kegiatan berlangsung pada 24 Maret 2022 di Aula FKIK Unismuh Makassar, dengan dihadiri oleh Para Dosen/Dokter FKIK Unismuh Makassar.